新风系统的净化率主要由滤网决定，市场上有两种常用的过滤方法，一种是复合滤网，另一种是静电除尘，由于净化方法不同，两者在使用过程中都有各自的优缺点。
静电集尘的优点是设备阻力较低，并且没有耗材，因为无需更换滤网。然而，由于高压发电，空气中不可避免地存在臭氧的风险。虽然适当浓度的臭氧是有益的，但是静电集尘会给粉尘充电，并且在净化过程中总是会产生臭氧。此外，无法确保每个新风系统静电除尘设备的效果合格，因此使用静电除尘净化是存在一定的风险的。
另一方面，复合滤网是采用纯物理的净化方法。采用HEPA过滤网，并特殊纤维叠成。根据不同的层级，对直径为0.3微米的颗粒可达97%以上的净化率，因此细菌不能通过。然而，HEPA滤网的间隙太小，这将不可避免地存在阻力。因此，需要更大功率的电机和降噪处理。其次，HEPA滤网的容尘量有限，通常需要六个月更换一次。如果是在北方冬天雾霾很严重时，可能需要三个月更换一次。
新风系统的出现是为了解决空气污染问题，但并没有解决当前的污染问题，又额外增加新的污染物。静电除尘新风系统创造的室内环境显然还有很长的路要走，这也是大多数新风系统选择HEPA滤网的原因。当然，仅仅通过常规的净化，空气质量并不完美。因此，如果条件允许，需要选择具有多重净化的新风系统。
